À la fin des années 1970, quand il est accusé par une interview dans L'Express d'être responsable de la tristement célèbre rafle du Vélodrome d'Hiver, le passé rattrape René Bousquet, ancien secrétaire général de la police du régime de Vichy reconverti dans la finance. Pendant quinze ans, il tente de se défendre d'avoir commis un crime contre l'humanité, avec l'aide de ses proches et surtout de ses relations bien placées.
En 1937, les Grandclément, un couple de petits fonctionnaires, achètent et s'installent dans une maison située à Neuvy (parfois appelé Neuvy-lès-Moulins), dans ce qui deviendra en 1940 la zone libre, mais toute proche de la rivière Allier et de la ligne de démarcation. Amateurs de bonne chère, ils jouissent d'un large stock de produits gastronomiques. Mais voulant faire plaisir à son chef de service et à la femme de celui-ci, ils sont dénoncés pour avoir mangé une oie le 11 novembre. Incarcérés, ils rencontrent Marie Müller, visiteuse de prison, qui les fait libérer. Celle-ci a flairé l'aubaine : un couple sans famille, sans amis, sans histoires, avec une maison "si bien placée". Après avoir loué une chambre chez eux, Marie fait livrer, en plus du loyer, des vivres de qualité ainsi que divers petits cadeaux à ses nouveaux amis. Elle orchestre en réalité un trafic d'or et de monnaie spoliés sur les biens des Juifs qui tentent de passer la ligne de démarcation avant d'être livrés aux autorités nazies une fois dépouillés. Marie et ses complices utilisent la maison des Grandclément comme relais de stockage. Les Grandclément décident tacitement de ne pas se poser la question sur les allées et venues dans leur maison et sur la provenance des cadeaux de Marie. Ils préfèrent voir en elle une vraie et généreuse amie, allant jusqu'à refuser la vérité qui éclatera après la guerre.
Le 21 octobre 1941, trois militants des jeunesses communistes abattent un officier allemand dans le centre de Nantes. En représailles, Hitler exige aussitôt l'exécution de cent cinquante otages français. À Paris, le général Otto von Stülpnagel tente de négocier le nombre des exécutions et demande à l'officier Ernst Jünger, par ailleurs écrivain, de noter le cours des événements. À Châteaubriant, en Loire-Atlantique, le sous-préfet Lecornu est chargé de désigner les otages qui seront fusillés au sein des prisonniers politiques internés au camp de Choisel. Parmi eux, l'adolescent Guy Môquet, 17 ans.
Le film relate le parcours militaire et politique de Benali Boudghène (colonel Lotfi), une des plus grandes figures de la guerre de libération algérienne.
En août 1944, à quelques jours du débarquement allié en Normandie, un attentat contre un officier allemand déclenche des représailles: une dizaine de Malouins sont incarcérés à l'écart de la ville, au Fort National. Seront-ils délivrés à temps? Les Allemands sont inquiets - et dangereux - et parmi les prisonniers s'est glissé un agent ennemi. Mais la propre secrétaire du commandant fait partie de la Résistance...
Comme chaque année à Zitouna, passe un montreur d'ours. Avec sa créature, il vient défier la petite communauté. Et comme tous les ans, c'est Slimane El Mabrouk qui défend l'honneur de la tribu. Mais cette fois, il en meurt, laissant deux orphelins, Omar et Ourida. Spoliés de leur héritage, les enfants vont grandir seuls. Les années passent, l'armée française s'installe, et avec elle, la guerre. Mystérieusement, un jour, après le meurtre d'un légionnaire français, Omar disparaît dans le maquis, tandis que sa soeur meurt en couches. Omar reviendra au village, bien plus tard, une fois l'indépendance acquise, en représentant du pouvoir et avec cette formule énigmatique :"Il faut que vous sachiez que la Révolution ne vous a pas oubliés". Vengeance personnelle ? Volonté sincère d'apporter le progrès et la modernité ?... Les habitants de Zitouna, bouleversés dans leur mode de vie ancestral, ne tarderont pas à avoir une réponse à leurs questions.
À Paris en 1940, alors que la France est occupée par l'Allemagne nazie, Jacques Jaujard, directeur du musée du Louvre, et le comte Franz von Wolff-Metternich, à la tête de la Kunstschutz (commission allemande pour la protection des œuvres d'art en France) unissent leurs forces afin de préserver les collections du plus grand musée français.
Un déserteur et deux gendarmes se retrouvent en zone occupée en 1940. Le déserteur se retrouve en Angleterre, promu lieutenant par le général de Gaulle, et se voit confier une mission secrète.
En 1959, deux frères sont séparés par la guerre d'Algérie. Le frère aîné doit partir se battre, et raconte l'horreur au quotidien à son petit frère de 10 ans.