Japon, milieu de l'ère Meiji. Ryuko Yano, dite Oryū la pivoine rouge, parcourt les routes pour apprendre son métier de yakuza. Cinq années auparavant, celle-ci a vu son mariage annulé suite à l'assassinat de son père Senzo, chef du clan Yano. Depuis elle a renoncé à son statut de femme et s'est fixée comme objectif de venger la mort de son père et de refonder le clan Yano. Le seul indice qu'elle possède est un portefeuille que l'assassin a laissé tomber lors de son forfait.
L'association patriotique Danno basée à Osaka cherche à s'étendre en direction du prospère port de Yokohama. Un cartel d'associations basées à Tokyo cherchant à s'opposer à Danno, une guerre se développe par l'intermédiaire d'associations interposées basées à Yokohama.
Hideji Kanno, membre d'un clan yakuza de Yokohama sort de prison après avoir purgé une peine de quinze années d'emprisonnement pour le meurtre de Matsuoka qui avait trahi leur boss. Matuoka avait une fille de trois ans, Yōko, au moment des faits et Hideji s'est assuré par l'intermédiaire de son ami Kōkichi Minami que cette dernière ne manque de rien et suive une éducation de jeune fille normale. Yōko ignore tout de l'implication de Hideji dans la mort de son père et elle pense que son bienfaiteur est un oncle vivant à l'étranger.