En 1721, afin de maintenir la fragile paix obtenue après la guerre de Succession d'Espagne, le régent du Royaume de France, Philippe d'Orléans, organise un « échange » de princesses royales qui débouche sur les fiançailles du roi de France, Louis XV, âgé de 11 ans, avec Marie-Anne-Victoire d'Espagne, âgée de 3 ans, et celles du prince héritier espagnol Louis, 14 ans, avec Louise-Élisabeth d'Orléans, 12 ans. Mais ces unions apparaissent compromises.
Été 40. Devant la menace allemande, un avocat anglais en vacances dans le Jura décide de regagner l'Angleterre. Contre son gré, il se charge de ramener deux enfants auxquels d'autres se joindront en cours de route. Commence alors un voyage périlleux, en lutte permanente contre la faim, la peur et la guerre. Une odyssée du courage et de la volonté pour regagner la liberté.
Le film débute en 1790 à Blérancourt, petit village de Picardie, où le jeune et ardent Saint-Just rêve d'aller à Paris, au cœur des événements révolutionnaires, pour y continuer son combat pour les idées nouvelles, aux côtés de Robespierre qu’il admire. Élu en août 1792 à la Convention, il y retrouve Robespierre et la Montagne, et ses talents d’orateur et d’homme politique sont vite remarqués, par la gauche comme par la droite.
Pendant l'insurrection vendéenne, Armelle de Courmont, une jeune aristocrate dont le père se bat dans les armées chouannes, noue une idylle avec un officier républicain. Elle va alors remplir la fonction ingrate d’intermédiaire entre l'armée républicaine et les troupes de Charette.
Il s’agit de la rencontre d’un vieil homme, le docteur Léon Chapuis, et d’un enfant, son petit-fils Yvon, dans le contexte de la guerre et de l’occupation dans une petite ville de province, Ribérac en Dordogne, (région de Bordeaux). Yvon méprise les convictions pétainistes qu’affiche son grand-père et les amitiés dont il dispose à la Kommandantur locale. Mais sous des dehors de notable pétainiste, monsieur Léon est en réalité le chef local de la Résistance. Les circonstances vont l’obliger à prendre en charge son petit-fils de 12 ans. Chacun des deux fera le chemin nécessaire pour aller vers l’autre.
En France, durant la Seconde Guerre mondiale, Sabine Zlatin, une juive d'origine polonaise naturalisée française vit à Montpellier avec son mari Miron Zlatin. Elle est infirmière militaire, il est agronome. Mais dans la France sous occupation allemande, les juifs doivent se cacher pour ne pas être déportés dans les camps. Lorsque Sabine rencontre Léa Feldblum, une jeune femme juive dissimulant son identité, celle-ci lui fait rejoindre l'organisation de l'Œuvre de secours aux enfants (OSE). Sa mission sera dès lors de sauver les enfants enfermés dans les camp de transit, mais elle a de plus en plus de difficultés à trouver un foyer pour les enfants. Elle fonde alors à Izieu la colonie d’enfants réfugiés de l’Hérault, où pensionnent les orphelins jusqu'à une rafle organisée le 6 avril 1944 à l'initiative de Klaus Barbie.
Le film retrace les derniers jours de Guy Môquet et de ses proches camarades au camp de Choisel jusqu'à leur exécution en représailles après la mort de Karl Hotz le 22 octobre 1941.
Durant la Seconde Guerre mondiale, Jean Ricouart, un jeune résistant, est arrêté à la suite d'une opération où il était chargé d'exécuter des collabos. Il est déporté en Allemagne, puis en Pologne mais survit. Deux ans plus tard, la guerre finie, il retourne dans son petit village natal afin d'y épouser son amour de jeunesse, Marie. Mais tout de suite après son mariage, Jean est arrêté et est condamné à 7 ans de prison pour complicité dans l'exécution des collabos. Le juge espère ainsi effacer toute trace de son passé collaborationniste en emprisonnant Jean, et se venger de la Résistance...
Le commissariat raconte l'histoire de Xavier Vallat interprété par Jacques Bonnaffé (Vénus Beauté, Lucie Aubrac), un antisémite militant qui rejoint le gouvernement Pétain au commissariat général des questions juives, en France dans les années 1940. Lucienne, jouée par Sophie Quinton (L'empreinte de l'ange) est secrétaire pour le ministère de Vallat. En août 1941, lors d'une violente rafle, Lucienne cache chez elle, Christian, un jeune homme qui ne la laisse pas insensible. Or Christian s'appelle en vérité Samuel Lipsky (Benjamin Bellecour) et il est juif.
Pendant la Seconde Guerre Mondiale.
Sur les pentes du Jura, dans cette petite Sibérie, Bernard Anthonioz fait passer des réfugiés en Suisse. Son ennemi juré, Maurice Nicod, est lui aussi passeur. Mais aux hommes, il préfère la contrebande d'objets précieux. Depuis peu, la Milice contrôle son village. Anthonioz et sa fille attendent le moment opportun pour une nouvelle mission. La famille de Nicod (Donnadieu) est plutôt spécialisée dans le passage des objets vers la Suisse, alors que celle d'Anthonioz (Guy Marchand) passe des fuyards qui se réfugient en Suisse (Juifs, personnes recherchées par la Gestapo, résistants). Les deux patriarches devront faire face à l'amour imprévu de la fille Anthonioz avec le fils Nicod.
En juin 1940, dans un village de Franche-Comté occupé par les Allemands, cinq enfants décident de rentrer en résistance à leur façon, contre les envahisseurs allemands.
Tout se passe en mai 1944, pendant la Seconde Guerre mondiale. Un ingénieur nommé Simon Charroux travaille dans une usine ayant été réquisitionnée par les Allemands. Il est le chef d'un réseau de résistance qu'il a lui-même créé.
Algérie, avril 1961. Tandis que quatre généraux de l’armée française s’emparent du pouvoir à Alger, voici l’évocation, au travers d'un récit choral, d’une poignée de destins croisés, emportés dans la tourmente et la violence inéluctable de l’Histoire. Jacquot, jeune appelé, est brusquement confronté à l’horreur de la guerre. Thomas, fils de colon et photographe boiteux, rêve de l’OAS Et alors que Sarah, favorable à l’indépendance, tente de fuir les démons qui la hante depuis cette bombe posée dans un café quelques années plus tôt, Malika, elle, rejoint les rangs du FLN et son amoureux Ali.