En 1949, trois amis d'enfance âgés de 20 ans, quittent leur village natal de Charente-Maritime pour l'Indochine. Alors qu'ils découvrent l'amour, ils se retrouvent pris dans la tourmente de la guerre d'Indochine.
Fin 1945, les soldats du Corps expéditionnaire français en Extrême-Orient débarquent en Indochine pour désarmer les soldats japonais, qui se trouvent toujours sur place depuis leur capitulation en août, et pour reprendre le contrôle du territoire qui se trouve en plein chaos après la fin du conflit mondial. André Cariou, un jeune sergent engagé volontaire, idéaliste et inexpérimenté, se lie d'amitié avec un autre jeune militaire, l'adjudant Robert Tual, ancien résistant, qui le prend sous son aile.
Paris, 1941 sous l'occupation Allemande. Un couple de crémiers, profiteurs de guerre opportunistes, qui se servent du marché noir, pour s'enrichir indûment. D'un autre côté, un jeune enseignant idéaliste décide de se résister, en tant que prisonnier évadé.
Le 24 février 1944, la Gestapo arrête Max Jacob. Au moyen de multiples analepses, le film nous fait voyager dans les souvenirs du poète, traverser différentes époques et rencontrer de célèbres peintres, poètes ou écrivains amis de Max Jacob, jusque quarante ans en arrière quand celui-ci habitait le Bateau-Lavoir avec Pablo Picasso. C'est plus particulièrement avec Jean Cocteau et Sacha Guitry que Max Jacob partage confidences, enchantements et frasques du Paris de l'entre deux guerres. Puis il est conduit à Drancy.
En 1943, pendant l'Occupation, dans la Creuse, Fanny, 12 ans et ses deux petites sœurs Georgette et Erika, sont dans un refuge pour enfants juifs. Les adultes qui s'occupent des nombreux enfants, suite à une dénonciation, sont obligés d'envoyer leurs protégés chez Madame Forman, près de la frontière italienne. Fanny sympathise avec Élie, 15 ans, qui rêve d'entrer dans la Résistance. Peu de temps après, Mussolini est renversé en Italie et l'armée allemande envahit la zone d'occupation italienne. Madame Forman décide d'envoyer les enfants en Suisse romande où ils seront en sécurité. Elle forme deux groupes. Le premier groupe, sous la responsabilité d'Élie, part en train jusqu'à Sallanches. Le groupe comprend Fanny, ses sœurs, Victor, Maurice, Diane de 17 ans, Rachel, Marie et Jacques .
Première partie
31 décembre 1942, dans la petite ville de Marconesse. À l'Hôtel de France, tenu par les Durieux, le réveillon bat son plein. Parmi les convives, le riche exploitant forestier Henri Delaître et sa famille, le lieutenant Gascher, chef de la Kommandatur et Jean de Montvert, un écrivain collaborationniste. Mais, dans la nuit, peu de temps après avoir quitté l'Hôtel de France, Henri Delaître est assassiné par un mystérieux individu sous les yeux de sa femme. L'adjudant chef Thomassin veut se saisir de l'affaire, mais Gascher insiste pour que l'enquête soit confiée à la Sûreté de Bordeaux. Le commissaire Valette délègue alors l'inspecteur Coëzec. Ce dernier arrive à Marconesse au moment où Thomassin s'acharne sur Loulou Beaufort, l'homme à tout faire de l'hôtel. Pour Coëzec, la difficulté est de taille : en cette période troublée, ses investigations se déroulent dans un climat hostile et dangereux...
Automne 1941. Dans la France occupée par les Allemands, les rafles se multiplient. Des enfants sont arrachés à leurs parents. Au Chambon-sur-Lignon, dans le Velay, en zone libre, une jeune femme, exténuée par un long voyage, frappe à la porte du presbytère. L'épouse du pasteur, Martha Fontaine, ouvre à Clara, première réfugiée juive parmi les centaines qui la suivront pour fuir les persécutions nazies. Du haut de sa chaire, Jean Fontaine engage avec véhémence ses paroissiens à recueillir les enfants venus de toute l'Europe. Ses paroles suscitent des réactions diverses ; Maurice, suivi de son fils René, milicien, quitte le temple, proférant des menaces à l'encontre de ceux qui désobéiraient aux lois de Vichy. Cependant, dès le lendemain, Myriam, une jeune Polonaise, et David, petit Berlinois, sont accueillis par Marc, professeur de maths. Tant bien que mal, la vie s'organise avec ces enfants bientôt placés dans les fermes des environs, alors que la milice accentue ses pressions.
Au mois de juin 1940, alors que les troupes allemandes envahissaient le territoire français, eut lieu "la plus grande action de sauvetage menée par une seule personne pendant l'Holocauste" : plus de trente mille personnes, dont dix mille juifs, purent en effet échapper à la barbarie nazie. Un homme seul, bravant sa hiérarchie et les ordres du dictateur Salazar, choisit en son âme et conscience de permettre à des dizaines de milliers de réfugiés de rejoindre son pays, le Portugal, en organisant une distribution de visas ininterrompue pendant plusieurs jours. Cet homme, c'est Aristides de Sousa Mendes, consul de Bordeaux.
Quelques jours avant le débarquement, Madeleine, dite Mado (Sandy Lobry), résistante et prostituée dans la maison close Les Bleuets à Dieppe, assomme un officier allemand détenteur de secrets stratégiques. Son frère Julien (Renaud Cestre), résistant lui aussi et présent à ce moment aux Bleuets où il cache des armes, vient au secours de sa sœur et subtilise au passage les papiers secrets de l’Allemand. Pour échapper aux nazis, Mado et Julien se réfugient avec les filles des Bleuets dans un couvent tenu par la sœur Suzanne (Michèle Bernier) et y font la rencontre de Marie (Élodie Fontan), une novice.